Den 44-årige italiener tiltrådte i sommeren 2022 og nåede altså kun lidt over en halv sæson i spidsen for den tidligere topklub.
Parterne er gået fra hinanden efter gensidig aftale, lyder det på Valencias hjemmeside.
"Klubben vil gerne takke træneren for sin dedikation og sit arbejde i de måneder, han har haft ansvaret for førsteholdet, og ønsker ham alt det bedste i fremtiden", skriver klubben.
Han er den syvende træner, som har stået i spidsen for klubben siden 2019.
Valencia har de seneste år ledt forgæves efter fordums styrke. Siden fjerdepladsen i 2019 er holdet endt som nummer 9, 13 og 9 i de efterfølgende sæsoner.
Siden sommerpausen er det ikke gået bedre, og efter 18 kampe ligger holdet på 14.-pladsen med bare et enkelt point til nedrykningsstregen.