Schlotterbeck moest kort voor de rust van het veld in de Allianz Arena in München. Hij zal volgens de club vooralsnog niet kunnen spelen, maar over de duur van de afwezigheid maakte Dortmund niets bekend.
De Duitse international ontbrak vorige week ook al bij het Duitse elftal in de verloren oefenwedstrijd tegen België omdat hij last had van een hamstringblessure. Hij stond wel in de basis in de oefenwedstrijd tegen Peru (2-0-zege).
Borussia Dortmund speelt woensdag in de kwartfinale van het Duitse bekertoernooi uit tegen bekerhouder RB Leipzig.
